微生物菌种按照生成途径，分饲料发酵菌种和生物肥发酵菌种。微生物菌种按照行业分为：普通微生物菌种-农业微生物菌种-林业微生物菌种-药用微生物菌种-医学用微生物菌种-兽医微生物菌种-工业微生物菌种等 数量十分庞大。下面表格是分析试验中常用的：
| 编号 | 名称 | 用途 | 规格 | ||
| 4800001 | 福氏痢疾志贺氏菌(ATCC12022) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800002 | 普通变形杆菌(ATTC13315) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800003 | 鼠伤寒沙门氏菌(ATCC14028) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800004 | 酿脓链球菌(ATCC19615) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800005 | 白色念球菌(ATCC10231) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800006 | 短芽胞杆菌(ATCC7316) | 培养基检定 | 支 | ||
| 4800007 | 腊叶芽枝霉菌(ATCC7702) | 培养基检定 | 支 |
更多菌种：
| 菌种目录 | 名 称 | 备 注 |
| CVCC1570 | 大肠杆菌 CMCC 44102 | 抗生素效价测定 |
| CVCC2081 | 大肠杆菌 CMCC 44103 | 抗生素效价测定 |
| CVCC709 | 短小芽孢杆菌 CMCC63202 | 抗生素效价测定 |
| CVCC717 | 枯草芽孢杆菌 CMCC63501 | 抗生素效价测定 |
| CVCC1882 | 金黄色葡萄球菌CMCC26003 | 抗生素效价测定 |
| CVCC1600 | 藤黄八叠球菌 CMCC28001 | 抗生素效价测定 |
